自动化工程系行政办公室包括：学生工作办公室以及系教务办公室。

学生工作办公室负责系学生的思想政治教育、学生日常服务管理及辅导员、班主任队伍建设、团学建设、奖助学金认定评定、评奖评优、突发事件的处理以及完成学院下达的各项任务，制定学期工作计划和总结等工作。

系教务办公室主要负责：学生学籍管理、课位编排、学业警示、考试安排、等级考试报名、成绩考核登记、学生考研以及毕业生资格审查等工作；配合各教研室完成各专业教学计划、教学大纲的统计、汇总和实施，以及教学教研、教材预订发放。毕业（设计）论文整理、教师工作量统计、教师考勤等工作。确保正常的教学秩序，完成日常教学管理工作，完成领导交办的其他工作。